Quorum   Sensing
la comunicació entre bactèries
 Apliquem les eines bioinformàtiques...
 
 

A la búsqueda de respostes...

Separarem l'apartat de respostes en dos blocs, el primer farà referència al sistema luxR/I de les gram negatives i el segon al sistema luxS.

En tots dos blocs, realitzarem la cerca de la seqüència de les proteïnes respectives (luxR i luxI de Vibrio fischeri, i luxS de Vibrio harvey) a la base de dades de NCBI. Un cop la tinguem, realitzarem una cerca per similitud amb el BLAST limitat a la base de dades de Swissprot i organisme Bacteria.  En segon lloc i segons els resultats que hem obtingut, realitzarem un aliniament múltiple per a cada grup de seqüències proteïques de cada sistema  mitjançant ClustalW, i finalment, amb l'ajuda del programa TreeView, construirem l'àrbre filogenètic del luxS. Tot això ens permetra extreure conclusions i intentar respondre a les preguntes plantejades

 

 

 

Sistema luxR/I

 

       Resultats de la búsqueda de proteïnes a NCBI

      

    -Proteïna lux R Vibrio fischeri

>LuxR_Vibrio_fischeri
MNIKNINANEKIIDKIKTCNNNKDINQCLSEIAKIIHCEYYLFAIIYPHSIIKPDVSIIDNYPEKWRKYY
DDAGLLEYDPVVDYSKSHHSPINWNVFEKKTIKKESPNVIKEAQESGLITGFSFPIHTASNGFGMLSFAH
SDKDIYTDSLFLHASTNVPLMLPSLVDNYQKINTTRKKSDSILTKREKECLAWASEGKSTWDISKILGCS
ERTVTFHLTNTQMKLNTTNR

     -Proteïna lux I Vibrio fischeri

>LuxI_Vibrio_fischeri
MTIMIKKSDFLAIPSEEYKGILSLRYQVFKQRLEWDLVVENNLESDEYDNSNAEYIYACDDTENV
SGCWRLLPTTGDYMLKSVFPELLGQQSAPKDPNIVELSRFAVGKNSSKINNSASEITMKQFEAIY
KHAVSQGITEYVTVTSTAIERFLKRIKVPCHRIGDKEIHVLGDTKSVVLSMPINEQFKKAVLN

   

 

       Resultats de la cerca per similitud amb BLAST

     

     -Proteïna lux R Vibrio fischeri

 

 

     -Proteïna lux I Vibrio fischeri

 

       Resultats de l'aliniament múltiple amb ClustalW

    

   -Del BLAST amb lux R de Vibrio fischeri - prescindirem de les seqüències obtingudes amb una E-value superior a  0,05, ja que la resta no tenen relevància.

 

     -Del BLAST amb lux I Vibrio fischeri - prescindirem de les seqüències obtingudes amb una E-value superior a 0,05, j que la resta no tenen relevància.
 

 

 

 

Sistema luxS

 

       Resultat de la búsqueda de la proteïna  a NCBI

 

     -Proteïna lux S Vibrio harveyi

>LuxS_Vibrio_harveyi
MPLLDSFTVDHTRMNAPAVRVAKTMQTPKGDTITVFDLRFTAPNKDILSEKGIHTLEHLYAGFMRNHLNG
DSVEIIDISPMGCRTGFYMSLIGTPSEQQVADAWIAAMEDVLKVENQNKIPELNEYQCGTAAMHSLDEAK
QIAKNILEVGVAVNKNDELALPESMLRELRID

 

       Resultat de la cerca per similitud amb BLAST

      

     -Proteïna lux S Vibrio harveyi

 

 

 

       Resultats de l'aliniament múltiple amb ClustalW

    

     -Del BLAST amb lux S de Vibrio harveyi - prescindirem de les seqüències obtingudes amb una E-value superior a 0,05, ja que la resta no tenen relevància.

 

 

       Arbre filogenètic creat amb TreeView.
       

                   -Arbre desarrelat de Proteïna lux S -> on no observem quina espècie va divergir primer, si no quina ha rebut més o menys canvis entre elles. 

                   -Arbre arrelat de Proteïna lux S -> on afegim a l'alineament múltiple anterior la proteïna luxS de l'arquea Haloferax volcanii com a outgroup, que ens permetrà arrelar l'arbre i observar la divergència de les espècies. Hem realitzat el mateix arbre esborrant el nom de l'espècie i deixant positiu o negatiu segons el gram de cada un, així aconseguim una visió més clara per respondre la nostra hipòtesis->arbre arrelat positiu/negatiu