PATOGÈNIA SOTA BLAST

 

 Si observem quins són els factors de virulència de Bacillus anthracis, la pregunta que ens pot sorgir és

 

Estaran aquests factors de virulència en altres organismes??

 

I si és així, són iguals, semblants o per el contrari diferents?

Tenen la mateixa funció? i són també patogèniques?

 

 Per trobar respostes

Primer farem una búsqueda per similitud per mitjà del BLAST, partint d'alguns factors virulència.

Les seqüències proteiques s'obtenen a partir de la base de dades del NCBI, fent una búsqueda al "Entrez Protein".

En segon lloc i en base als resultats obtinguts, farem un aliniament múltiple per a cada grup de seqüències proteiques mitjançant el ClustalW, i finalment, construirem un arbre filogenètic de cada factor amb l'ajuda del programa TreeView per poder extreure conclusions i respondre a les preguntes plantejades prèviament.

 

Cerca de seqüències al NCBI

Anem a la pàgina del NCBI i cerquem les seqüències proteiques de Bacillus anthracis per tres dels seus factors virulents.

Llavors, llançem un BLASTp sobre les seqüències proteiques.

 

Ens mostra que hi ha dos dominis conservats (ATFL i ANTHRAX-TOX-M).

Els resultats amb elevat score (s) i menor valor d' "e" corresponen al propi gen lef de B.anthracis str.Ames_Ancestor i també de la soca A2012.

Veiem estructures relacionades a aquesta regió i també noms diferents per designar a Lef, degut als diferents autors.

 

Hi ha dos dominis conservats (PA14 i Binary-toxB).

Els resultats amb elevats "s" i menor "e" corresponen a Bacillus anthracis.

Veiem diferents noms per la mateixa proteïna degut a que cada autor li ha donat el seu nom.

 

Hi ha un domini conservat (Pgs A).

Trobem molts aliniaments tot i que els 'scores' no són gaire elevats.

Veiem que hi ha gran diversitat de microorganismes i també diferents noms per designar la mateixa proteïna.

 

E