Genomes dels dos virus

 

Els genomes del PsHV-1 i el del ILTV mostren gran similitud estructural i de llargada són de 163.025 parells de base i de 148.665, respectivament. El genoma del PsHV-1 conté 73 ORF i el de ILTV té 76 ORF.

Taula d'ORF's als 2 genomes

Anteriorment havien sigut classificats en d'altres famílies com la dels gammaherpesvirus per les seves propietats limfotrófiques. Però actualment amb els estudis genètics, s'ha vist que tots dos formarien part de la família dels Alfaherpesvirus.

Estructuralment mostren característiques de la classe D herpesvirus, com el virus pseudorabies (PRV) i el virus varicella zoster (VZV), ja que contenen dos dominis de seqüències úniques.

El contingut en G+C en el PsHV-1 és del 60,95% i la regió llarga de seqüència única abarca 119.146 pb mentre que la curta és de 16.405 pb. En el cas del ILTV, el contingut en G+C és del 48,16%, la regió llarga de seqüència única és de 113.039 pb i la curta de 13232 pb.

En els genomes d'herpesvirus és característic trobar que la regió curta de seqüència única es troba flanquejada per repeticions inverses (Inverted repeats). Però en aquest cas, els virus que comparem no ho tenen en la regió llarga, aixó confereix una característica de distinció important.

Organització del genoma en PsHV-1

Organització del genoma en ILTV

En el genoma de PsHV-1, 61 gens es localitzen a la regió llarga i 10 gens a la curta mentre que en el genoma de ILTV, la llarga conté 62 gens i la curta 9.

Similituds entre els dos genomes es poden veure en la inversió entre UL22 i UL44, l'absencia de regions repetitives a la regió llarga de seqüència única, l'estructura conservada de la regió curta i un cluster conservat de 5 ORF's unics a la regió llarga (ORF A a ORF E).

Aquesta última característica representa una gran diferència front a la resta d'alfaherpesvirus.

Una gran diferència entre els dos genomes és el tamany i difereixen en l'organització gènica. A més UL16 no es troba a ILTV, una proteïna del tegument que intervè en el processament de la nucleocapside i UL48 no es troba a PsHV-1, que activa la transcripció de gens early i intervè en la maduració del virió.

 

DEFINITION  Gallid herpesvirus 1, complete genome.

DEFINITION  Psittacid herpesvirus 1 isolate 97-0001, complete genome.

ACCESSION   NC_006623


VERSION     NC_006623.1 

GI: 57790931

ACCESSION   AY372243


VERSION     AY372243.1 

GI: 34500202

 

La seqüència del genoma és accessible a través de la base de dades del genbank amb els codis d’accés AY372243 el PsHV-1 i el NC_006623, el ILTV.

Genoma del Infectious Laryngotracheitis Virus

Genoma del Psittacid Herpesvirus 1