PROGRAMA TEÒRIC

Llicenciatura en Biologia (Curs 2009-2010)

 

Tema 1 INTRODUCCIÓ A LA BIOCOMPUTACIÓ

Bioinformàtica: síntesi de la revolució de la biologia molecular i de la informàtica. Codificació de la informació. Els tres vèrtexs de l'anàlisi bioinformàtic. Reptes de la bioinformàtica. Sistemes operatius i xarxes. Internet. Bases de dades. Algoritmes i programació. Llenguatges de programació. Introducció al llenguatge Perl.


Tema 2 BASES DE DADES D'INTERÈS GENERAL I BIBLIOGRÀFIQUES

Bases de dades d’interès a Biologia i Biotecnologia. Bases de dades de bibliografia científica: revistes, editorials, taules de continguts, revistes electròniques. Cerques bibliogràfiques: motors de cerca i estratègies

Tema 3 BASES DE DADES MOLECULARS

Bases de dades moleculars: The Molecular Biology Database Collection: 2004 update (NAR). European Bioinformatics Institut (EBI), National Center for Biotechnology Information (NCBI), SwissProt, PIR. Presentació i anotació de seqüències. Bases de dades especialitzades. Bases genòmiques

Tema 4 CERQUES I ALINEAMENT DE SEQÜÈNCIES

Motors de cerca: Sequence Retrieval System (SRS-EBI) i Entrez (NCBI). Cerques per paraules i per similitud. Algoritmes per a la cerca i alineament de seqüències. Matrius de substitucio: PAM i BLOSUM. Els algoritmes dinàmics (Needelman-Wunsch i Smith-Waterman). Algoritmes d’alineament de parells de seqüències. Dot-matrix.

Tema 5 ALINEAMENT DE SEQÜÈNCIES

Alineaments locals amb FastA i BLAST. Cerca dels remots homòlegs: PSI-BLAST. Alineament múltiple de seqüències (ClustalW). Identificació de consensos i disseny de primers.

Tema 6 GENÒMICA

Projectes de seqüenciació de genomes. Seqüenciació, ensamblatge i anotació de genomes. Genomes complets a procariotes i eucariotes. El genoma humà. Genòmica comparada. Genòmica funcional. Base de dades de genomes. L’era posgenòmica: SNPs, el projecte HapMap. Associació genómica SNP-QTL. Genòmica personalitzada.


Tema 7 RECONSTRUCCIÓ FILOGENÈTICA MOLECULAR

La filogènia molecular. Concepte d’arbre evolutiu. Gens ortòlogs i paràlogs. Mètodes d’inferència filogenètica: mètodes de distància, mètode de la màxima parsimonia i mètode de la màxima versemblança. Taxes de substitució. Rellotge molecular. El formato Newick. Exemples de reconstrucció filogenètica.

 BIBLIOGRAFIA  

  • Cristianini, N. Y M. W. Hahn. 2007. Introduction to Computational Genomics. A cas estudies approach. Cambridge Univ. Press.

  • Gibson, G. i S. V. Muse, 2004. A Primer of Genome Science. Second edition  Sinauer, Massachusetts.

  • Mounts, D. W. 2004. Bioinformatics: sequence and genome analysis. Second edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor, Nova York.

  • Tisdall, J. 2001. Beginning Perl for Bioinformatics. An Introduction to Perl for Biologists. O’Reilly 2001.

  • Xiong, J. 2006. Essential Bioinformatics. Cambridge University Press

  • Westead, D.R. i Hodma, 2008. Instants notes in Bioinformatics. Taylor & Francis