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Talleres: Docking

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Taller de Protein-Ligand Docking. Conceptos y aplicaciones

Descripción:

En la era donde la frontera entre química y biología es cada vez menos pronunciada, las herramientas computacionales ocupan un lugar cada vez más preponderante. Unas en particular se destacan por ser aplicadas masivamente tanto por investigadores computacionales como experimentales: las llamadas técnicas de "Protein-ligand dockings". Altamente populares, la aplicación de estas técnicas no para de crecer y la comunidad científica tiene ahora a disposición un conjunto importante de herramientas para escoger. No obstante, no son pocos los retos que un usuario, incluso avanzado, puede encontrar.

Bajo una aparente sencillez, los programas de dockings esconden fundamentos matemáticos, químicos y biofísicos substanciales y sus análisis en el marco biológico y bioquímico puede fácilmente llevar a sobrevaloraciones o, al contrario, sobrecríticas. Sin una formación dedicada a entender los pros y los contras de los programas de "protein-ligand dockings", es fácil caer en las múltiples trampas de su uso y aplicación. En este taller, basado en una larga experiencia dedicada a este ámbito en entornos industriales y públicos, proponemos ofrecer una formación básica pero sólida a estas técnicas para que los investigadores pueden aplicar y entender todo su potencial y limitaciones.

Objetivos:

  • Familiarizarse con las bases de las técnicas de protein-ligand dockings.
  • Conocer sus pros y contras, así como superar estos últimos.
  • Aprender con tutoriales optimizados para ilustrar de manera extensa los conceptos teóricos

Estructura del taller:

Las clases son presenciales y se realizan con un ordenador por alumno. La teoría y la aplicación práctica están así estrechamente integradas y cada concepto teórico tendrá una inminente aplicación práctica en tiempo real. Se usarán para la parte práctica herramientas del dominio público y se propondrá una serie de ejemplos que puedan interesar a los alumnos en sus casos prácticos. Todos los conceptos aprendidos se aplicarán en un problema final que englobará todos los conocimientos adquiridos.

A quién va dirigido:

El taller está dirigido a estudiantes de doctorado, de máster o de final de grado que estén llevando a cabo una investigación con apoyo computacional así como a profesionales, privados o públicos, del cualquier área del vasto campo de la química biológica.

Requisitos previos:

El taller preferencialmente requiere saber de las bases moleculares de los sistemas químicos y bioquímicos. No requiere de conocimientos previos ni en computación ni en programación. La primera lección práctica está dirigida a cubrir el aprendizaje básico del sistema operativo Linux sobre el cual las simulaciones se llevarán a cabo.

Contenidos:

  • Interacción Proteína-ligando: sus funciones y sus bases moleculares
  • Como calcular la energía
  • Como explorar el espacio molecular (conformaciones, mutaciones y otros cambios)
  • Las grandes familias de programas de dockings
  • preparar un sistema: que hay que tener en cuenta y cómo hacerlo
  • Mi primera simulación
  • Post-análisis  

Profesorado:

Dr. Jean-Didier Maréchal

Profesor en Química Física de la UAB. Modelizador Molecular con más de 20 años de experiencia dedicados a la aplicación y desarrollo de métodos computacionales en biología estructural, diseño de fármacos y de enzimas y compartida entre la academia y la industria. Actualmente líder de un grupo de investigación de la UAB dedicado al desarrollo de nuevas metodologías basadas en Python para el estudio de biohíbridos de interés en química, biomedicinas y biotecnología.

Información práctica:

El taller tendrá lugar del 1 al 4 de julio de 9.30 a 13.30 en la Universitat Autònoma de Barcelona.

El taller se ofrece en castellano, catalán e inglés. Indica en observaciones el idioma de preferencia.

Cada alumno dispondrá de un ordenador personal para el seguimiento del taller.

Al finalizar el taller se entregará un certificado de asistencia.

Coste:

325€

Los siguientes colectivos tienen un 20% de descuento.

  • Estudiantes universitarios
  • Personal docente e investigador de la UAB
  • Personal de centros adscritos a la UAB
  • Personal de la esfera UAB-CEI.

Los miembros del BIB tienen un 10% de descuento (no acumulable con el descuento anterior).

Los que se inscriban en 2 o más talleres tienen un 10% de descuento en el precio final.

Número de alumnos:

Dada la atención personalizada que se pretende ofrecer en el taller hay un máximo de 24 plazas.

En caso de que no se llegue a un mínimo de 10 asistentes el taller no se realizará.

Inscripciones:

Para inscribirse en el taller, rellena el siguiente formulario.


 

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Contacto

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Tel.+34 93 586 8942


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